Structures fédératives
CY Tech promeut les collaborations transversales et pluridisciplinaires, notamment avec des partenaires extérieurs, autour des axes suivants :
Patrimonialisation et création
Santé, Cosmétique et luxe
Criminalité, sécurité, société
Territoires intelligents, mobilité, énergie
L'école bénéficie de 3 fédérations de recherche qui facilitent les échanges transversaux et le développement de projets pluridisciplinaires :
L'Institut des Matériaux 
L'Institut des Matériaux (I-MAT) a pour vocation de promouvoir la recherche dans les thématiques matériaux. I-MAT participe activement à la recherche fondamentale et appliquée via des synergies entre les laboratoires de la fédération.L’Institut des humanités numériques
L’Institut des humanités numériques (IDHN), en lien avec le Domaine d’Intérêt Majeur Sciences du Texte et Connaissances Nouvelles dont CY Cergy Paris Université est membre fondateur et partenaire. IDHN vise à développer et valoriser les activités de recherche dans le domaine des Humanités numériques à CY Cergy Paris Université.
L'Institut des Sciences de la Sécurité
L'Institut des Sciences de la Sécurité (I2S), dont CY et le PJGN (Pôle Judiciaire de la Gendarmerie Nationale) sont tutelles. Sa mission est de créer des synergies en recherche, formation et valorisation, dans les domaines de la sécurité et du forensique.