IST Syllabus L3 Programme Majeure 5a Sciences de la vie (M5a-SV)

Semestre 5

97,5 heures

UE Développement : de l'expression des gènes aux fonctions 

EC Biologie moléculaire (12hCM, 9hTD)

Prérequis

Compétences visées

Enjeu du cours

Contenu du cours

EC Biologie cellulaire et microbiologie (10,5hCM, 9hTD)

Prérequis

Compétences visées

Enjeu du cours

Contenu du cours

EC Biologie animale et végétale (10.5hCM, 9hTD)

Prérequis

Compétences visées

Enjeu du cours

Contenu du cours

EC Biochimie métabolique (19.5hCM, 6hTD)

Prérequis

Bioénergétique appliquée aux enzymes

Biochimie de l'activité enzymatique

Paramètres cinétiques et thermodynamiques des enzymes

Compétences visées

Être capable d'analyser le devenir des trois classes d'aliments, protéines, lipides, oses pour la production d'énergie
Comprendre l'impact d'un déséquilibre alimentaire, hyperprotéiné, hyperlipidique, hyperglucidique au regard de l’utilisation des données de régulation des voies métaboliques

Enjeu du cours

Maîtriser le déroulement des principales voies métaboliques, leurs interactions, leur implication dans la production d'ATP, en utilisant les paramètres thermodynamiques et enzymatiques

Maîtriser la régulation des voies anaboliques et cataboliques

Contenu du cours

Régulation des voies anaboliques et cataboliques, utilisation des paramètres thermodynamiques et enzymatiques pour expliquer la régulation

Glucose, glycolyse et néoglucogenèse,

Phosphorylation oxydative, cycle de Krebs et chaîne respiratoire

Glycogène, Glycogénolyse et glycogénogenèse

Acides gras, ß-oxydation et synthèse

Azote, fixation, organification, transamination, élimination, cycle de l'urée

Acides aminés, synthèse et dégradation

Bases des acides nucléiques, synthèse et dégradation

Nucléotides, voie des pentoses, recyclage des bases

EC Biomodélisation 2 (3hCM, 12hTD)

Prérequis

Initiation aux biocalculs (L1S2)

Biomodélisation I (L2S3)

connaissance mathématique niveau terminal S

connaissance en Biologie générale

Compétences visées

Acquérir les méthodes d'analyse d'un modèle mathématique (résolution d'équations différentielles, paramétrage, étude des cas limites) et des traitements numériques associés (linéarisation, détermination des paramètres, régression linéaire).

Etre capable d'établir un modèle mathématique à partir de données expérimentales (hypothèses, paramétrage, validation).

Etre capable d'utiliser des logiciels dédiés à la modélisation (simulateur, calculateur numérique) en s'appuyant sur une approche pratique du calcul numérique en biologie.

Enjeu du cours

Transdisciplinaire, cet enseignement pose les bases de la modélisation scientifique, en s'appuyant sur des exemples issus de la Biologie (écologie, métabolisme, enzymologie).

Cet enseignement propose aux étudiants de s’initier aux outils informatiques et mathématiques utilisés lors de l’élaboration et de la validation des modèles biologiques. Il permet également de se familiariser avec les méthodologies associées à ce type d’étude.

Contenu du cours

1. introduction à la modélisation en Biologie

conceptualisation d'un modèle (paramétrage, hypothèses)

mathématisation (formulation, analyse qualitative, résolution, analyse quantitative)

simulation

validation du modèle

2. applications aux modèles à compartiments en biochimie

modèle à compartiments

formalisme et mathématisation

étude des systèmes stationnaires

cas pratiques